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c# Slicer developer tutorial: programming in slicer

Fecha: 16 de diciembre de 2021

• Este tutorial es una introducción de python interactor y el Qt.

• Software de código abierto para el análisis y visualización de imágenes médicas.

• El software no esta aprobado por la FDA o CE-marked. Únicamente se usa en la investigación.

Tipos de módulos de slicer

1. Command line interface (CLI): rutinas preinstaladas, tienen entradas/salidas definidas.
2. loadable modules (C++ plugins): optimized for heavy computation.
3. Scripted modules (python): Recomendado para el prototipado rápido y el desarrollo de flujos de pre-procesamiento.

Slicer extensions

Módulos para descargar. Slicer tiene un gestor de módulos para instalar.

Entorno de python en 3D slicer

• VTK:Librería de visualización científica.
• ITK: Librería de visualización de imágenes médicas.

La consola de python en slicer esta basada en una consola de Qt. Para acceder a esta, damos click en el ícono correspondiente.

Modelo para el manejo de datos

Preprocesamiento de imágenes

Preprocesamiento de imágenes consiste principalmente en dos clasificaciones

1. Filtrado de las imágenes: resaltar una característica.
2. Segmentación: extraer regiones de las imágenes.
3. Registro:fusionar imágenes.
4. Visualización, como representar los datos para dar efecto de tridimensionalidad.

Sistema de coordenadas en las imágenes

Tipos de sistemas coordenados:

Planos anatómicos:

• Plano axial
• Plano coronal
• Plano sagital

• La imágenes médicas que tienen mayor resolución son los rayos X, que se puede tener 2000 px. De acuerdo a la instrumentación del equipo se puede tener un espaciado, guardado a partir de matrices.

• Slicer al soportar tantos formatos, se implementa mucho en la parte de investigación.

Modelos:

• VTK polygonal data (.vtk, .vtp)
• STereoLithography (.stl)
• Freesurfer surfaces (.orig )

En la guía se encuentra más explicito como manipular una escena en slicer Guía manipulación escena

escena =  slicer.mrmlScene;
print(type(escena)) # tipo de escena

volumen = escena.GetNodeByID('vtkMRMLScalarVolumeNode1') # Recuperar un volumen de la escena 
imagen = volumen.GetImageData()

volumen = slicer.vtkMRMLScalarVolumeNode() # Crear un volumen nuevo a la escena
volumen.SetAndObserveImageData(imagen)

Una imagen se puede crear a partir de código de python de la siguiente forma:

imagen = vtk.vtkImageData()
imagen.SetDimensions([10,10,2])#tamanio de la matriz
imagen.SetOrigin([0,0,0]) #origen de la imagen
imagen.SetSpacing([0.78,0.78,1.5]) #espaciamiento entre puntos de la matriz
imagen.AllocateScalars(vtk.VTK_SHORT,1) #tipo de datos, en este caso SHORT
volumen = slicer.vtkMRMLScalarVolumeNode()
volumen.SetAndObserveImageData(imagen)
volumen.SetName('Prueba')
slicer.mrmlScene.AddNode(volumen)

Fiducia: un punto, son referentes en cirugía para poder relacionar información de las imágenes con los pacientes.