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XNAT

Fecha: 23 Noviembre 2021

¿Qué es XNAT?

Plataforma de software de informática médica de código abierto
Orientada a la ejecución de investigación con imágenes médicas
Importar, almacenar, procesar y distribuir imágenes y otro tipo de información del estudio de manera segura.

Componentes de XNAT

Busqueda y exploración de grandes datasets. Permite almacenar, navegar y consultar datos
Ejecutar procesamiento complejo en los datos usando computación avanzada
Incluye iun motor de pipelines para programación de flujos de trabajo complejos conmúltiples niveles de automatización

DICOM SCP Receiver

Una ocpión para enviar datos desde un scanner a XNAT

Se le vincula un proyecto, es como una carpeta temporal, y se redirige a los proyectos propios.

Plugins

Son usados por XNAT com ouna manera de extender su funcionalidad.

Cada plugin está empaquetado en su propio contenedor que puede ser implementado de forma separada y distinta de la aplicación principal

Container server

Permite ejecutar aplicaciones desarrolladas fuera de XNAT.
Se pueden asociar por medio de docker Hub.
Se pueden definir los comandos para ejecución del contenedor en la plataforma XNAT

Correr XNAT en una máquina virtual

Descargar virtual box
Descargar vagrant

Nota: Se utilizaron puertos especificos debido a las especificaciones que solicitaba. En caso de tener un puerto que ya este escuchando deshabilitar.

Correr en en carpeta las siguientes líneas en una terminal:
```
 vagrant init 
 vagrant up 
 vagrant ssh 
```
Modificar el vagrantfile con los puertos que necesita XNAT, asignarle 4GB para la máquina virtual vagrantfile
instalar docker en ubuntu seguir los pasos: https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/
Instalar docker compose seguir los pasos: https://docs.docker.com/compose/install/
Página de la memoria Seguir los pasos: https://phoenixnap.com/kb/docker-memory-and-cpu-limit
Instalar gradle
```
sudo apt install gradle
```

correr los primeros pasos de la guía de la instalación Aura

// clonar repositorio
$ git clone https://github.com/NrgXnat/xnat-docker-compose 
$ cd xnat-docker-compose
$ git checkout features/dependency-mgmt
// Crear copia de archivo de configuración
$ cp default.env myProps.env
$ ./gradlew composeBuild composeUp
$ ./gradlew composeDown //Recomendación: siempre bajar los servicios 
// Lanzar especificando entorno y archivo de manifiesto
$ ./gradlew -PenvFile=default.env -Pmanifest=sample.manifest-XNAT-ML-18 fullStackComposeBuild fullStackComposeUp

```
sudo docker-compose up -d 
```

Añadir plugin DRQ ->ir hasta plugins

sudo wget https://bitbucket.org/xnatdev/dicom-query-retrieve/downloads/dicom-query-retrieve-1.0.1-xpl.jar

Dirigirse al localhost en el servidor que este usando

user: admin password: admin

Configurar los receptores DICOM SCP

Ir a Administer/Site Administration/DICOM SCP Receivers
Clic en New DICOM SCP Receiver
Ingresar la siguiente información:
- AE Title: XDQR
- Port: 8104
- Custom Processing: Enabled
- Identifier: dqrObjectIdentifier
Clic en New DICOM SCP Receiver para crear otro receptor
Ingresar la siguiente información:
- AE Title: XNAT
- Port: 8144
- Custom Processing: Disabled

Identifier: dicomObjectIdentifier (Default) Configurar nodo DICOM para ORTHANC

Ir a Administer/Plugin Settings/DRQ Settings
Clic en Add New DICOM AE
Ingresar la siguiente información:
- AE Title: ORTHANC
- Host: IP
- Label: ORTHANC
- Port: 4242
- Queryable: yes
- Default Q/R AE: yes
- Storable: yes
- Default Storage AE: yes
Clic en ping para verificar la conexión

Crear proyecto y asociar investigador/a principal, añadir descripción de proyecto.
Descargar datos DICOM descargados en la web con imágenes médicas de su interés.
Utilizar la herramienta dicombrowser para modificar el atributo StudyComments (0032,4000), asociar nombre de proyecto Nota: Es necesario tener descargado Java install java.

Una vez descargados archivos DICOM, abrir dicombrowser.

Open file
Buscar el atributo study comments y cambiar el value:
- Project: ID proyecto , Subject: Sujeto-000 ,Session: Sujeto-000

Nota: Si no existe este atributo, ir a Edit/Add new attribute y colocar los puertos (0032,4000) y colocar el correspondiente value.

file/send
- Enviar a XNAT
- Enviar a ORTHANC
  - Ir a la ruta ``127.0.0.1\pacs`
  - user: orthanc
  - password: orthanc
  Una vez los archivos enviados se pueden visualizar de la siguiente forma:

Controlar las instancias

Bajar las instancias
```
$ docker-compose down
```
Bajar las instancias y eliminar las imágenes construidas
```
$ docker-compose down --rmi all
```
Los pasos anteriores se pueden realizar utilizando los siguientes comandos con gradlew
```
$ ./gradlew composeDown
$ ./gradlew composeDownForced
```

Subir las imágenes nuevamente

$ docker-compose up -d
$ ./gradlew composeUp
$ ./gradlew fullStackComposeUp

Reiniciar
```
$ docker-compose restart xnat-web
```
Instalación Docker en Windows 10 con WSL
Revisar guía oficial de instalación: https://docs.docker.com/desktop/windows/wsl/
Prerequisitos
- Habilitar WSL 2 en Windows siguiendo las siguientes instrucciones
- Descargar e instalar el paquete de actualización de kernel de linux siguiendo las siguientes instrucciones. Instalar la distribución Ubuntu 18.04 LTS.
- Configurar Docker Desktop siguiendo las siguientes instrucciones .

Configuración de JAVA

Para Ubuntu 18.04 LTS.

sudo apt-get update
sudo apt-get install openjdk-8-jdk
java -version

Luego exportar la ruta

export JAVA_HOME=path_to_java_home (debe ser algo similar a esto: &quot;/usr/lib/jvm/open-jdk&quot;)

Verificar la existencia de la ruta

echo ${JAVA_HOME}

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